En ambos tipos de certificación las entidades de certificación, independientes y acreditadas por FSC o certificadores, verifican que todos los bosques certificados por FSC cumplan con los requisitos contenidos en el estándar de manejo forestal FSC.
Las entidades de certificación evalúan las operaciones de manejo forestal y cadena de custodia utilizando las normas del FSC. Éstas son independientes de FSC y de las empresas que auditan. La verificación por terceros es crucial para la integridad del sistema FSC.